function intro(){
var input = new StringBuffer();
input.append("");
input.append(" Introducción
");
input.append("Probaremos algunas herramientas bioinformáticas para ver que se puede hacer, y se hace, con esto que se llama 'bioinformática'. Tomaremos (a ver que tengo por aquí...), la proteína de la cápsida (en adelante CP) de la familia Bromoviridae como modelo...¿qué? (y tu más!!). No no, no es un insulto, perdón, son una familia de virus, que infectan a plantas (a muchas). -Ahhh y qué??...pues...¿los virus molan no? Son una estructura que encierra una secuencia, perfecto para explicar lo que quiero contaros. Además, son la clave de la evolución...pero bueno eso ya os lo contaré algún día... A lo que vamos: Esta proteína tiene unos 230 aminoácidos (depende del género). Compararemos las CP de 37 virus pertenecientes a los distintos géneros de la familia, mediante un alineamiento múltiple. De esta manera determinaremos si en las proteínas revisadas (37) existen regiones conservadas o no (correspondencia idéntica entre aminoácidos). También veremos el porcentaje de identidad intergénero e intra-intragénero que presenten. En relación a la filogenia observaremos la mayor o menor cercanía entre las CP de virus del mismo género. En el estudio estructural, nos centraremos en la CP de Peanut stunt virus ( PSV), miembro del género Cucumovirus (familia Bromoviridae), sin estructura registrada en PDB. Haremos una predicción de su estructura, y se modelará tomando como molde la CP de Tomato aspermy virus. En este sentido veremos que es una proteína con algunas hélices alfa y bucles, con varias regiones Beta formando una estructura de barril B, y que podría estabilizarse con Mg para formar los trímeros que configuran cada cara, si nos da tiempo.");
input.append("");
input.append("
");
$("#app-content").html(input.toString());
}
function dePago(){
var input = new StringBuffer();
input.append("");
input.append(" Contenido de pago
");
input.append("Te lo he dicho: de pago. Ahora me debes una birra, por lo menos. Puedes contactar conmigo cdo quieras para liquidar tu pago (si no, te sentirás muy mal). Estoy a tu disposición en: Centro de Investigación Príncipe Felipe, Valencia, Spain. Unidad de Bioinformática y Genómica. O si lo prefieres, mándame un correo a: admin[arroba]madridnuncaduerme.com , poniendo 'birra biorecursos' en el asunto ;-) .");
input.append("");
input.append("
");
$("#app-content").html(input.toString());
}
function tools(){
var input = new StringBuffer();
input.append("");
// input.append("");
// input.append("");
input.append("
METODOLOGÍA: Herramientas utilizadas ");
input.append("
");
input.append("
");
input.append("- Búsqueda secuencias aminoacídicas: EMBL/EBI
");
input.append("- Busqueda de similitudes: SRS (EMBL/EBI)
");
input.append("- Alineamiento múltiple: CLUSTALW (NCBI)
");
input.append("- Visualizar alineamiento: CLUSTALX, Belvo
");
input.append("- Determinación de las relaciones filogenéticas: TREE VIEW
");
input.append("- Estructura de proteínas:
");
input.append("- Estructuras preexistentes: RASMOL, HEX, VISUAL3D (VECTOR NTI) y SPVIEWER
");
input.append("- Prediccion: Jpred .
");
input.append("- Modelado: Spviewer, SWISS-MODEL
");
input.append("
Buscar con google:
");
input.append("
");
input.append("");
input.append("
");
input.append("
");
input.append("
Búsqueda de secuencias (aminoacídicas) ");
input.append("
");
input.append("Ejecutamos la consulta 'COAT_* & BROMOVIRIDAE': 'todo lo que empiece por coat y acaba en bromoviridae'.
Se obtienen 37 resultados (correspondientes a distintas estirpes dentro los géneros que componen la familia");
// input.append("Por ejemplo, Peanut stunt virus, estirpe J, dentro del género Cucumovirus. ");
input.append("Pedimos las secuencias aminoacídicas en formato FASTA y las guardamos. ");
input.append(" ");
input.append("
");
input.append("
");
input.append("
");
input.append("
");
input.append("
");
input.append("
Busqueda de similitudes entre secuencias( SRS (EMBL/EBI) y psiBLAST. ) ");
input.append("
");
input.append("Utilizando NCBI BLAST SERVER Blastp, obtendríamos una tabla parecide a la que se puede ver abajo. La tabla está ordenada según la puntuación (score) de similitud. En nuestro ejemplo, la proteína de la cápsida (COAT PROTEIN) de Peanut stunt virus presenta la puntuación (score) más alta con tomato aspermy virus (TAV). ");
input.append("");
input.append("
");
input.append("
");
input.append("
");
input.append("
");
input.append("
");
input.append("
Alineamiento múltiple (CLUSTAL)");
input.append("
");
input.append("Le pedimos además que nos construya la matriz de distancias, de 37 CPs de estirpes escogidas entre los géneros Cucumovirus, Bromovirus, Ilarvirus, y Alfavirus.");
input.append("El método BLOSUM62 construye matrices tieniendo en cuenta los cambios aminoacídicos más o menos probables.");
input.append("En nuestro caso, las distancias entre los distintos géneros es muy grande, y por lo general, entre estirpes es muy pequeñas. Debido a estas características es recomendable utilizar árboles no lineales.");
input.append("Con TreeView podemos hacer una representación en árbol de estas distancias, obteniendo: ");
input.append("");
input.append("
");
input.append("
");
input.append("
");
input.append("
");
input.append("
");
input.append("
Estudio estructural (I)");
input.append("
");
input.append("El objetivo es predecir la estructura de una proteína, en nuestro caso de la CP de Peanut stunt virus, cuya estructura no esté registrada. ");
input.append("Lo primero que se puede hacer es una predicción de la estructura secundaria, con Jpred y como entrada ");
input.append("la secuencia de aminoácidos obtenida anteriormente: ");
input.append("JPRED nos devuelve una estructura secundaria basada en 2 hélices y varias láminas. Sin embargo, esto es solo un modelo y además no nos aporta ninguna imagen visual clara de la posible estructura. Se puede modelar según un patrón para conseguir un modelo 3D utilizando para ello herramientas informáticas de modelado por homología. ");
input.append("");
input.append("
");
input.append("
");
input.append("
");
input.append("
");
input.append("
");
input.append("Estudio estructural (II) ( SWISS-MODEL):
");
input.append("");
input.append("La herramienta SWISS-MODEL devuelve una primera aproximación tomando como entrada nuestra secuencia de aminoácidos. Los resultados nos los mandan por mail. Primero nos mandan un mail de alta de la petición, y despues un segundo correo con los procesos realizados, que resumidamente consiste en:");
input.append("1. Búsqueda por homología de secuencia en una base de datos de secuencias de estructura conocidas.
");
input.append("2. Se seleccionan todos los 'moldes' (estructuras 3D sobre las que nos basaremos para hacer nuestro modelo) con una identidad de secuencia superior al 25% y con una región alineada superior a 20 residuos.
");
input.append("3. Se genera el fichero de entrada ('imput file') para el program 'ProModII' el cual basándose en los moldes seleccionados (templates) de la base de datos 'ExPDB' originará todos los modelos a partir de nuestra secuencia problema.
");
input.append("4.Por último, se optimiza/an el/los modelo/os basándose en un proceso de minimización de energía.
");
input.append("5. Finalmente, nos remitirá un mail con las coordenadas 3D del modelo basado en la homología de nuestra secuencia con las secuencias de estructura conocida de la base de datos. Este archivo se puede cargar en el programa RASMOL obteniéndose la posible estructura en 3D:");
input.append("
");
input.append("
");
input.append("");
input.append("
");
input.append("
");
input.append("
");
input.append("
");
input.append("
");
input.append("ADULADOR DE MENTES (Servicio gratuito)
");
input.append("BUENO, YA HEMOS ACABADO!! AHORA, SI TE ENCUENTRAS ALICAíD@, Y NO SABES QUE HACER, SIN ÁNIMO NI GANAS DE HACER NADA, SIN IDEAS...SI NO VES LAS COSAS CLARAS, SOLO VES NUBES A TU ALREDEDOR, SI ADEMÁS LLUEVE... PINCHA EN EL ADULATOR
");
input.append("ADULATOR
");
input.append("");
input.append("");
input.append("
");
$("#app-content").html(input.toString());
$("#adulator").hover(function(){
$("#adulator").animate({
opacity: 0.4
},{queue:false,duration:500});
}, function(){
$("#adulator").animate({
opacity: 1
},{queue:false,duration:500});
});
$("#adulator").click( function(){
if ($("#bodyAdulator").hasClass('primero')){
$("#bodyAdulator").html(adulator());
$("#bodyAdulator").removeClass('primero');
}
else{
function callback(){
setTimeout(function(){
$("#bodyAdulator").removeAttr('style').hide().fadeIn();
$("#bodyAdulator").html(adulator());
}, 0);
};
$("#bodyAdulator").effect("explode",{},1000,callback);
}
});
}
function adulator(){
arrAdulator=new Array("ERES LA MÁQUINA","ERES LA OSTIA", "ERES CUAL CRACK", "ERES GENIAL", "VALES UN MONTÓN","TIENES BUENÍSIMAS IDEAS", "QUÉ GRANDE ERES!!", "QUEDA MENOS PARA EL VIERNES!!");
var ran_number = arrAdulator[Math.floor(Math.random()*arrAdulator.length)] ;
return ran_number;
}